Если вам сообщил командир, что ваш зять погиб, пусть даже нет официальной информации, скорее всего, так и есть. Поэтому вы правильно сделали, что на третий, девятый и сороковой день ходили в церковь и молились Богородице. Ну, конечно, надежда остаётся. В жизни случается всякое, поэтому кто знает, может, каким-то чудом ваш зять и выжил. Но мы этого не знаем, потому что человека поминают «о упокоении» только тогда, когда нет никакой информации.
Всё-таки вам позвонил командир, а значит, он располагал сведениями о том, что зять погиб, пусть даже не на все сто процентов, но, скорее всего, он в этом уверен и что-то знает. Поэтому пока молитесь о нём, как об усопшем, в этом нет никакого греха, даже если он жив. Никакого вреда ему это не принесёт, потому что Господь всё видит и всё знает.
Даже если мы считаем человека умершим, а он каким-то чудом оказался жив, и при этом упоминаем его как усопшего, в этом нет греха. Господь знает, и примет молитву так, как нужно «как о живом». У Бога все живы. И наоборот, когда мы поминаем умершего, думая, что он жив, Господь всё равно принимает эту молитву, потому что для Него все живы.
Другое дело, когда мы сознательно молимся неправильно о покоении живых или о здравии мёртвых, с какими-то магическими целями, вот это уже грех. Но если человек пребывает в незнании, то это не грех, а естественное состояние человеческой немощи. Поэтому молитесь за вашего зятя, как об умершем, о покоении его души. А если вдруг произойдёт чудо, значит, слава Богу. Надежда, пусть и маленькая, всегда остаётся. Так что вам помощи Божией и всего доброго.