Как относиться к тому, что на Троицу сразу после Литургии служат вечерню с коленопреклонными молитвами, хотя по канонам в воскресенье нельзя делать земные поклоны?

Вы абсолютно правы, что по канонам в воскресные дни нельзя делать земные поклоны.
Троица — особый день. Ну, а самое главное, как вы правильно заметили, что коленнопреклонённые молитвы на Троице читаются на вечерне, а вечерня относится уже к следующему литургическому дню.

То есть вечерня, которая совершается очень часто сразу после литургии, уже относится ко дню Святого Духа, к следующему дню, и поэтому совершаются коленнопреклонённые молитвы. Вечерня служится сразу после праздничной литургии для удобства верующих, потому что не всем удобно приходить и утром, и вечером в воскресный день.

Конечно, происходит некоторый литургический сдвиг, не совпадает астрономический день и литургический. Но такое бывает в Церкви. Например, Великим постом мы с утра служим и утреню, и часы, и потом вечерню — хотя на часах может быть ещё только 11 или 12 часов дня.

В этом нет ничего страшного — в Церкви всё продумано, и нет ничего случайного. Если Церковь благословляет земные поклоны, значит, в этом нет греха. Церковь живёт Святым Духом, а Дух дышит там, где хочет.